уважаемый radan в принципе прав, но можно покопать, если есть желание и нет программатора под рукой.
У меня была как раз такая ситуация. Я сделал следующее:

1. Заливаем в arduino скетч из примеров - ArduinoISP, после этого имеем (текст из скетча):
// pin name:    not-mega:         mega(1280 and 2560)
// slave reset: 10:               53
// MOSI:        11:               51
// MISO:        12:               50
// SCK:         13:               52
//
// Put an LED (with resistor) on the following pins:
// 9: Heartbeat   - shows the programmer is running
// 8: Error       - Lights up if something goes wrong (use red if that makes sense)
// 7: Programming - In communication with the slave
Не забываем про землю и 5в

2. Этим самым мы превратили arduino в программатор AvrISP со следующими особенностями - прошивать надо на скорости 19200 и выбирать для программатора com порт самой arduino.
На этом этапе я используя SinaProg c указанными параметрами успешно заливал hex созданные в bascom,
т.е.  проблема была решена, мне этого хватило... потом спаял программатор USBASP с сайта DiHalta и .. тд

3. Причем попытка выбрать опцию AvrISP в bascom ни к чему хорошему не привела. 
Но если подумать немного дальше - SinaProg является графической оболочкой для avrdude. Возможно в опциях bascom выбрать внешний программатор, указать расположение avrdude.exe и в качестве параметров передать ему все необходимое. Должно сработать.